La producción de transgénicos produce reacciones negativas en la salud humana.

Si un gen animal se introduce en un vegetal, puede traer graves consecuencias su consumo en la salud humana. El frijol transgénico de EMBRAPA que contiene un gene extraído de una castaña causó en los Estados Unidos reacciones alérgicas a los consumidores. Las investigaciones realizadas en 1998 demostraron que la papa transgénica con genes que producen lecitina (proteína que destruye las células del sistema inmunológico), puede modificar el metabolismo humano. Durante cien días, el investigador Arpad Pusztai alimentó a ratas con estas papas transgénicas y el resultado fue el retardo del crecimiento de las ratas y menor resistencia a las infecciones.

Consumir productos transgénicos puede ocasionar la resistencia a los antibióticos. Los caballos alimentados con transgénicos han mostrado alteraciones del sistema inmunológico y endiversos órganos vitales. Como consecuencia de introducir genes extraños en los alimentos, se pueden padecer alergias a los alimentos. Por otro lado, la introducción de nuevas proteínas a los alimentos pueden aumentar la potencia de algunas sustancias tóxicas que ya existen en los alimentos. Otras sustancias del cuerpo que protegen contra el cáncer podrían verse disminuídas. Existen pruebas científicas de la acción cancerígena de los niveles actuales de residuos de glifosato permitidos por ley, mientras quien produce este herbicida, Monsanto, exige que se multiplique por diez el nivel de residuo permitido en la soya transgénica resistente a este herbicida.

A finales de los años 80, una empresa japonesa utilizó bacterias trasngénicas para producir un suplemento alimenticio que se vendía sin receta en los Estados Unidos. De ello murieron 37 personas y al menos mil 500 padecieron una grave enfermedad de la sangre. También la hormno artificial BST que se inyecta a las vacas para producir más leche podría aumentar el riesgo de cáncer en seres humanos. Los transgénicos tienen el potencial a aumentar la toxicidad de los alimentos, especialmente los cultivos Bt. Es decir, no se puede lavar los productos de Bt, tienen la toxina en cada célelua, aumentando riesgo/delación/exposición a tales toxinas. Los riesgos son mayores por los niños y ancianos. Varias toxinas Bt son alergenes o sospechadas alergenes, incluyendo la proteína Cry9C del cultivo de maíz "Starlink" de la empresa Aventis. Starlink es aprobado solo para forraje y usos industriales, pero no por consumo humano. En el año 2000, Starlink entró al sistema alimentario de los Estados Unidos en varios productos de maíz. El Departamento de Alimentos y Medicamentos (FDA) revocó más de 300 productos en los supermercados contaminado con Starlink. La crisis de Starlink provocó la prohibición de este producto en varios países en Europa, Japón, Coreo de Sur, El Salvador, entre otros. También hay reportajes que Starlink, por medio de polinización abierta, ha contaminado miles de costales de semillas para la siembra de este año, hasta otras especies de maíz.