Los transgénicos rompen el equilibrio de los ecosistemas y eliminan la biodiversidad.

Las semillas creadas genéticamente eliminan a las semillas naturales y, por la polinización de ellas, se mezclan con los vegetales naturales creando especies estériles o débiles o que contienen tales características de los OGMs: resistencia a los herbecidas, riesgos para la salud humana y animal, etc. Con el uso de químicos, herbicidas y pesticidas, las semillas transgénicas eliminan la biodiversidad.

Contaminación genética es irreversible. Es imposible retirar de la naturaleza los genes que se introdujeron en una planta. Los transgénicos acelerarán la erosión genética ya que reducirán las posibilidades de adaptación de las plantas cultivadas a las variaciones climáticas y a la diversidad de los ecosistemas. Por otro lado, los monocultivos transgénicos uniforman genéticamente la agricultura y destruyen otras plantas y animales.

La contaminación genética que producen los transgénicos por medio de la polinización o el viento, puede debilitar a otras plantas y animales hacièndolos más vulnerables a plagas o enfermedades, eliminando la biodiversidad. El uso de agrotóxicos y transgénicos eliminan a otros organismos e insectos alterando la biodiversidad y los microecosistemas. Investigaciones realizadas en universidades de los Estados Unidos, han demostrado que los genes que se introducen en cultivos transgénicos resistentes a herbicidas, pueden trasladarse a plantas silvestres cercanas que luego no se pueden controlar. La toxina BT pasa al suelo y afecta microorganismos que reciclan los nutrientes de las plantas, o destruye las bacterias que fijan el nitrógeno del aire y permiten la fertilización natural de las leguminosas.

Se ha comprobado que cultivos de maíz y algodón transgénicos, generaron resistencia creciente en algunas especies de mariposas cuyas larvas empezaron a atacar a estos y otros cultivos y plantas silvestres. Lo mismo ocurrió con la papa transgénica.